Согласно пункту 5 статьи 2 Налогового кодекса, если международным договором, ратифицированным Республикой Казахстан, установлены иные правила, чем те, которые содержатся в Налоговом кодексе, применяются правила указанного договора.

В соответствии с подпунктом 2) пункта 2 статьи 263 Налогового кодекса налогоплательщик обязан выписывать счет-фактуру в электронном виде в случаях, предусмотренных нормативными правовыми актами Республики Казахстан, принятыми в реализацию международных договоров, ратифицированных Республикой Казахстан.

Главами государств-членов Евразийского экономического союза (далее – ЕАЭС) подписан Протокол о некоторых вопросах ввоза и обращения товаров на таможенной территории Евразийского экономического союза от 16 октября 2015 года, ратифицированный Законом Республики Казахстан от 9 декабря 2015 года № 439-V (далее - Протокол), вступивший в силу
с 11 января 2016 года.

В целях реализации вышеуказанного Протокола приказом Министра финансов Республики Казахстан от 9 декабря 2015 года № 640 утверждена Инструкция по организации системы учета отдельных товаров при их перемещении в рамках взаимной трансграничной торговли
государств-членов ЕАЭС (далее – Инструкция).

Согласно пункту 7 Инструкции, налогоплательщик выписывает электронный счет-фактуру (далее – ЭСФ) при:

реализации товаров, включенных в Перечень, которые ранее ввезены
с территории третьих стран;

реализации ввезенных на территорию Республики Казахстан
с территории государств-членов ЕАЭС товаров, код ТН ВЭД ЕАЭС
и наименование включены в Перечень;

при реализации произведенных на территории Республики Казахстан товаров, код ТН ВЭД ЕАЭС, и наименование которых включено в Перечень;

вывозе с территории Республики Казахстан на территорию другого государства-члена ЕАЭС в связи с передачей товара в пределах одного юридического лица:

товаров, включенных в Перечень, которые ранее ввезены с территории третьих стран;

товаров, ввезенных на территорию Республики Казахстан с территории государств-членов ЕАЭС.

При этом товары, включенные в Перечень, утверждены Приказом Министра национальной экономики Республики Казахстан от 9 февраля
2017 года № 58 «Об утверждении перечня товаров, в отношении которых применяются ввозные таможенные пошлины, размера ставок и срока их действия».

В соответствии с пунктом 78 Правил документооборота счетов-фактур, выписываемых в электронной форме, утвержденных приказом Министра финансов Республики Казахстан от 12 мая 2017 года № 301, при реализации физическим лицам товаров, включенных в Перечень, с представлением чека контрольно-кассовой машины, поставщик таких товаров выписывает электронный счет-фактуру (далее - ЭСФ) на весь оборот за день, по каждому виду товара. В случае необходимости может быть выписано несколько ЭСФ.

При этом подпунктом 4) пункта 15 статьи 263 Налогового кодекса предусмотрено, что выписка счета-фактуры не требуется при представлении покупателю чека контрольно-кассовой машины в случае реализации товаров, работ, услуг за наличный расчет, за исключением случаев реализации товаров, работ, услуг лицам, указанным в пункте 1 статьи 276 Налогового кодекса.

Учитывая вышеизложенное, действие подпункта 4) пункта 15 статьи 263 Налогового кодекса не распространяется на товары из Перечня, ЭСФ по которым выписывается на весь оборот за день при реализации физическим лицам.

Следовательно, при реализации товара, не включенного в Перечень, с предоставлением покупателю чека контрольно-кассовой машины, выписка счета-фактуры не требуется.